Генетический тренд и инбридинг: что показывает наклон линии
Отчёт рисует, как менялась средняя оценка по годам рождения, и рядом ставит средний инбридинг. Разбираем, почему наклон линии — не заслуга и не приговор, что делает с ним смена базы сравнения и как читать долю выше порога родства.
Дмитрий Васин · 5 сентября 2026 г.
- Что разбирается
- Отчёт «Генетический тренд и инбридинг»
- Откуда числа
- lib/herd-analytics.ts, lib/ancestry.ts, lib/index-base.ts
- Порог
- Инбридинг: граница внимания — эквивалент двоюродных
Что именно нарисовано на графике
Две линии на одном поле. Зелёная — средний индекс племенной ценности животных, родившихся в этом году. Жёлтая — средний коэффициент инбридинга той же группы. Пунктиром через всё поле проходит единственная линия сетки — порог 6,25 %; она означает решение, а не разметку.
Точка года — это среднее, и важно, по кому оно взято. В расчёт идут все записи хозяйства, кроме архивных, у которых заполнена дата рождения и которые родились за последние десять лет. Все — значит и быки, и тёлки, и телята этого года, и коровы, проданные в марте. Пол не спрашивается, состояние не спрашивается, наличие отёлов не спрашивается. Десятилетнее окно взято потому, что раньше в книге обычно единичные записи, а точка из двух животных на графике выглядит так же весомо, как точка из двухсот.
Отсюда первое правило чтения: точка года описывает не стадо, а поголовье, записанное на хозяйство и рождённое в этот год. Купите двадцать нетелей одного года рождения — и точка этого года изменится, хотя в самом хозяйстве не родилось ни одного телёнка.
Карточка отчёта появляется, когда в книге набралось больше одного года рождения, а линия индекса рисуется только при двух и более годах, где средний индекс вообще посчитан. Это не украшение: прямая, проведённая через одну точку, — не тренд, а иллюзия тренда, и провести её было бы легче, чем объяснить потом, почему она ничего не значит. Рядом с графиком стоят три числа: средний инбридинг стада, сколько животных выше порога и у скольких коэффициент вообще есть. Последнее и есть знаменатель, без которого первые два не читаются.
Почему по году рождения, а не по дате оценки
Год рождения — момент, когда генетика животного сложилась окончательно и больше не изменится. Оценка меняется сколько угодно раз: приехали лактации дочерей, пересчитали надёжность, сменили базу сравнения. Ряд по году рождения показывает работу подбора; ряд по дате оценки показал бы работу расчётного центра, и хозяйство читало бы чужие пересчёты как свои успехи.
Оговорка здесь одна и она существенная. Год рождения защищает от того, чтобы одно и то же животное дважды меняло свою точку. Он не защищает от того, чтобы вся линия сдвинулась целиком, — а именно это и делает смена базы. Об этом дальше, и это главное, ради чего разбор написан.
Наклон линии — не заслуга и не приговор
Разность между точкой прошлого года и точкой позапрошлого выглядит как ответ на вопрос «двигаемся ли мы вперёд». На самом деле в ней сложены три величины разной природы, и график их не разделяет.
Первое: отбор
То, ради чего график и смотрят. Быки, которыми осеменяли позапрошлой весной, дали телят, родившихся в прошлом году; если бык был лучше среднего по стаду, точка поднялась. Это единственное слагаемое, которым хозяйство управляет само, и единственное, которое движется медленно: между решением по быку и точкой на графике проходят стельность и год ожидания, а между решением и продуктивностью дочерей — ещё две-три.
Второе: покупка и выбытие
Купленная нетель приходит в книгу со своим годом рождения и своей оценкой, и садится в точку того года, когда она родилась в чужом хозяйстве. Партия импорта поднимает прошлогоднюю точку задним числом — не потому, что кто-то подтасовал данные, а потому, что отчёт считает поголовье, а не рождения. Работает это и в обратную сторону: животных, убранных в архив, в расчёте нет, и вычистив архивом старые записи, хозяйство перерисует старую часть графика.
Практический вывод простой и неприятный: наклон линии у хозяйства, которое покупает племенной молодняк, говорит в первую очередь о поставщике. Разделить своих и купленных отчёт не умеет, и знать об этом должен тот, кто на график смотрит.
Третье: база сравнения
Самое тихое из трёх. Племенная ценность измеряется отклонением от базовой популяции, а не абсолютной величиной: «+512 кг молока» означает «на 512 килограммов больше, чем даёт базовая группа». Значит в формуле индекса стоят среднее и разброс этой группы, и меняются они не тогда, когда меняются животные.
ИПЦ = Σ (вес% / 100) · (оценка − среднее) / σ · 1000Оценка животного стоит в скобках, база — рядом с ней. Поменяйте среднее, не тронув оценок, и каждое слагаемое изменится у всех животных сразу и на одну и ту же величину.
Сколько это стоит в очках индекса
Разговор о базе обычно кончается фразой «ну, там всё сдвигается» — с ней соглашаются и её забывают. Поэтому посчитаем. В США базу меняют раз в пять лет; с 1 апреля 2025 года она отсчитывается от коров рождения 2020 года, а не 2015-го, и по предварительной оценке CDCB у голштинов при этом вычлось 750 фунтов молока, 45 фунтов жира, 30 фунтов белка и 2,5 месяца продуктивной жизни. Ни одна корова при этом не изменилась.
Наша база — заимствованная и происходит ровно оттуда: версия CDCB-2025-metric читается как «оттуда взято, в метрические единицы переведено». Значит цену такого сдвига можно посчитать на наших числах: перевести фунты коэффициентом, разделить на стандартное отклонение признака и взвесить профилем Ассоциации.
| Признак | Сдвиг у источника | В наших единицах | σ признака | В долях σ | Вес профиля | Очков ИПЦ |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Удой | 750 фунтов | 340,2 кг | 257,10 кг | 1,32 | 3 % | 40 |
| Жир | 45 фунтов | 20,4 кг | 11,29 кг | 1,81 | 27 % | 488 |
| Белок | 30 фунтов | 13,6 кг | 6,93 кг | 1,96 | 14 % | 275 |
| Продуктивное долголетие | 2,5 месяца | 2,5 мес. | 1,70 мес. | 1,47 | 16 % | 235 |
| Всего у каждого животного книги | 1 038 | |||||
Около 1 038 очков индекса — у всех сразу, в один день, без единого нового измерения. 4 признака из 4 сдвинулись больше чем на одно собственное стандартное отклонение: удой на 1,32, жир на 1,81, белок на 1,96, продуктивное долголетие на 1,47. То есть сдвиг базы оказался крупнее того разброса, которым мы отличаем животных друг от друга.
На графике это выглядело бы как обрыв всей линии вниз в одной точке — и как «мы стали хуже» в глазах того, кто про базу не знает. При этом порядок животных внутри книги не изменился бы ни на одну строку: вычиталось у всех одинаково. Индекс отвечает на вопрос «кто из моих лучше», и на него он отвечает по-прежнему верно. Он не отвечает на вопрос «стали ли мои лучше, чем три года назад», и никогда не отвечал.
Своя база у нас появится тогда, когда Ассоциация накопит собственную выборку: отдельный прогон считает средние и отклонения по животным книги и записывает их новой версией. Признак, у которого оценок мало, остаётся при этом на заимствованной базе — то есть после пересчёта часть слагаемых индекса стоит на одной базе, а часть на другой, и версия базы поэтому хранится рядом с результатом, а не подразумевается. Как это устроено — в разборе базы сравнения.
Вторая линия: у скольких он вообще посчитан
Средний инбридинг стада и доля выше порога считаются по одному и тому же множеству: животные хозяйства, кроме архивных, у которых поле коэффициента не пусто. Пустое поле не превращается в ноль — и это важнее, чем кажется. Ноль означал бы «родства нет», то есть утверждение, которого никто не проверял; пропуск означает «не считали».
Отсюда знаменатель доли. «Двенадцать животных выше порога, 8 % от посчитанных» — это восемь процентов от тех, у кого поле заполнено, а не от стада. Если коэффициент есть у трети книги, доля описывает эту треть, и та же самая доля по всему стаду может быть втрое меньше или вдвое больше. Третья плитка рядом — «коэффициент посчитан у стольких-то» — стоит там именно для этого, и подпись под ней говорит прямо: остальным не хватает родословной.
Дальше — то, о чём отчёт молчать не должен. Пропуск в родословной всегда занижает коэффициент и никогда не завышает: общего предка, которого нет в записях, обход не находит, не найденный предок не даёт слагаемого, сумма выходит меньше. Значит стадо с бедными родословными показывает низкий средний инбридинг не потому, что оно чистое, а потому, что доказывать родство было нечем. Красивое число здесь — свойство базы, а не животных, и отдельный разбор посвящён целиком этому.
Практическое следствие, которое переворачивает чтение графика. Хозяйство, которое взялось за родословные и довело их до третьего-четвёртого колена, увидит на отчёте рост среднего инбридинга. Ничего не ухудшилось — наоборот, стало видно то, что было. Ровно поэтому жёлтую линию нельзя читать в отрыве от того, менялась ли за эти годы полнота записей.
Откуда в карточке берётся сам коэффициент
Коэффициент инбридинга в карточке — хранимое поле. Оно приходит выгрузкой, вводом или из документов на животное; отчёт по стаду усредняет именно его, а не пересчитывает родословные на лету. Пересчёт в книге есть, и он даже двух видов: разбор родословной в карточке идёт на 9 колен, подбор пар считает родство будущих родителей на 6. Но в среднее по стаду попадает записанное.
Записанное сверяется с посчитанным, и сверка эта названная, а не подразумеваемая. Допуск — 1,0 процентного пункта: десятая доля процента это округление, целый процент — уже разные родословные. За один разбор так сверяется не больше 50 записей, потому что каждая стоит обхода на 9 колен, и сколько осталось несверенными, разбор говорит вслух.
Расхождение при этом не обвинение, а вопрос. Наш коэффициент посчитан по родословной, которая есть в книге; хозяйство могло взять своё число из более полной. Какая из двух родословных вернее, знает только оно.
Почему пунктир проходит именно здесь
Порог 6,25 % не выбран круглым числом и не назначен нормативом. Он совпал со степенью родства: у двоюродных общие дед и бабка, к каждому из них ведёт по два колена с каждой стороны, и сложение по формуле Райта даёт 6,25 % — ровно то число, которое проходит по графику пунктиром. Для сравнения: полусибсы, у которых общий отец, дают 12,5 %, то есть вдвое больше.
Выше этой границы у голштинов начинается заметная инбредная депрессия по продуктивности и воспроизводству. Это склон, а не обрыв: ни один документ не запрещает спаривание выше порога, и близкородственное разведение остаётся рабочим инструментом — линии закрепляют именно им. Всё, что делает порог, — избавляет от необходимости читать глазами длинную таблицу. Решение остаётся за зоотехником, и принимается оно в подборе пар, где видно не среднее по стаду, а конкретная пара.
И одна оговорка про сам порог: он привязан к голштинской популяции — породе с широким международным обменом семенем. Для малочисленной породы, где вся популяция и так родня, осмысленная граница другая — а настроить её нечем: порог записан константой в коде, в настройках Ассоциации его нет. Наследовать его молча не следует, и первое, что тут можно сделать, — перестать делать вид, будто ручка есть.
Пределы, названные до вопроса
Версия базы рядом с точкой графика не стоит. Линия строится по полю индекса из карточки животного — тому, что приехало с животным или было введено. Посчитанный книгой индекс лежит отдельно, вместе с версией базы, весами профиля и годом рождения; на графике его нет. Значит в одной линии могут оказаться числа с разных баз, и различить их нечем. Это названный пробел, а не мелочь вёрстки.
Средние не взвешены по числу животных в точке. Год с четырьмя записями стоит на графике так же высоко, как год с четырьмя сотнями, и точка тем прыгучее, чем меньше за ней голов. Число животных в году отчёт считает, но на графике оно не показано.
Быки и коровы усредняются вместе. Отбор быков и отбор коров идут с разной жёсткостью, и купленный племенной бык с высоким индексом двигает точку своего года сильнее любой коровы. Разделения по полу в отчёте нет.
Геномного родства нет. Инбридинг считается по документам. Панель ISAG в карточке есть — двенадцать STR-локусов парами аллелей вместе с протоколом теста, — но она подтверждает происхождение, и на этом кончается. Родство по маркерам считают по чиповым SNP-генотипам, а их книга не принимает и не хранит; это отдельная работа, названная в списке пробелов, а не выданная за сделанное.
Чего этот разбор не доказывает
Что растущая линия означает удачный подбор. В неё входят покупка животных и база сравнения наравне с отбором, и разделить их график не умеет. Утверждать о подборе по наклону можно только у хозяйства, которое за эти годы не покупало животных и работало на одной версии базы, — а таких мало.
Что падение линии означает ухудшение. Смена базы вычитает у всех сразу — по нашим весам это около 1 038 очков, — и порядок животных при этом не меняется ни на строку. Вычитание относительно базы и ухудшение животных — разные события, дающие на графике одинаковую картинку.
Что низкий средний инбридинг — достижение стада. Он бывает достижением, а бывает свойством записей: коэффициент считается по тому, что записано, и пустая родословная даёт красивое число. Пока не сказано, у скольких животных он вообще посчитан и как глубоки их родословные, число не значит ничего.
Что наш индекс сравним с каталожным NM$ или TPI. Не сравним. Из документа CDCB мы берём только стандартные отклонения, а веса у нас свои. Числа на этом графике имеют смысл внутри книги и не переносятся в каталог — как и каталожные не переносятся сюда.
Как устроен сам индекс и что хранится вместе с его значением — на странице «Индекс племенной ценности», вместе с названными пределами.
Слова этой страницы
Определения с нашими числами и с тем, чего каждое слово не означает.
| Коэффициент инбридинга | Доля генов, по которым животное получило от отца и от матери копии одного и того же предка. Порог внимания в книге — 6,25 %. |
|---|---|
| База сравнения | Среднее и генетическое σ по референтной группе — то, относительно чего племенная ценность считается отклонением. |
| Племенная ценность | Оценка того, что животное передаёт потомству, выраженная отклонением от базовой популяции. |
| Полнота родословной | Какая доля клеток каждого колена известна системе. Стоит рядом с коэффициентом инбридинга, потому что в само число не входит. |
Источники
- Interbull: валидация генетического тренда, методы I–III
Как проверяют, что наклон линии — генетика, а не смена базы или метода
- ICAR Guidelines, Section 09 — Dairy Cattle Genetic Evaluation
Требования к генетической оценке и к смене базы сравнения