Коэффициент инбридинга
Ещё говорят: F, COI, инбридинг животного
Доля генов, по которым животное получило от отца и от матери копии одного и того же предка. Порог внимания в книге — 6,25 %.
Что это
Коэффициент инбридинга — доля генов, по которым животное получило от отца и от матери копии одного и того же предка. Величина эта родословная, а не измеренная: её считают обходом общих предков по записям, и выражают процентом. Шесть с четвертью процента означают, что родители животного приходятся друг другу примерно двоюродными.
Это порог внимания книги — 6,25 %. Выше начинается заметная инбредная депрессия по продуктивности и воспроизводству, и это не обрыв, а склон: граница поставлена затем, чтобы длинную таблицу подбора не приходилось читать глазами целиком, а не затем, чтобы что-то запретить.
Как это считает книга
Формула Райта: сумма по всем общим предкам и по всем путям к ним, где каждый путь весит (1/2) в степени «колен от отца плюс колен от матери плюс один», а вклад умножается на единицу плюс собственный инбридинг предка. В карточке животного обход идёт на девять колен, в подборе пар — на шесть, и числа поэтому могут слегка расходиться. Расхождение названо на самой странице подбора: молчаливое подрывает доверие сильнее, чем объявленное.
Собственный инбридинг предка подбор берёт из поля карточки, а не пересчитывает заново, и где поле пусто — принимает нулём. Направление этой ошибки выбрано намеренно: порог предупреждающий, и ошибаться он должен в сторону «покажем меньше, чем есть».
Число, введённое хозяйством, сверяется с посчитанным по нашей родословной. Допуск — один процентный пункт: десятая доля процента это округление, целый процент — уже разные родословные. За один разбор так сверяется не больше пятидесяти записей, и сколько осталось несверенными, разбор говорит вслух. Значение выше 25 % запись не отменяет, но помечает как требующую ручного подтверждения.
Чего это не означает
Низкое число не означает отсутствия родства. Оно означает отсутствие записей о родстве в пределах глубины расчёта. Разница существенная: первое — свойство животных, второе — свойство базы. Поэтому рядом с коэффициентом всегда стоит полнота родословной, а пустая клетка подбора подписана «общих предков не нашлось», а не «родства нет».
Не приговор. Близкородственное разведение — рабочий инструмент, и линии закрепляют именно им. Вредно не родство само по себе, а родство непреднамеренное: накопленное подбором по индексу, не замеченное вовремя и не записанное.
Не измерение, а ожидание. Коэффициент отвечает на вопрос, какая доля генов совпадёт у такой пары в среднем. Два телёнка от одних и тех же родителей получают разные половины, и фактическая доля общих аллелей у них разная. Геномного родства в книге нет: генотипы не хранятся, считается по документам.
Где это работает
- Разбор: Инбридинг по неполной родословной: что считается и что пропускается
- Разбор: Малочисленные породы: что даёт книга там, где нет геномики
- Разбор: Генетический тренд и инбридинг: что показывает наклон линии
- Исследование: Недавний инбридинг вреднее давнего: что нужно, чтобы считать это у нас
- Порода: Истобенская порода