Геномная оценка

Ещё говорят: геномный прогноз, GEBV, геномная селекция

Прогноз племенной ценности по генотипу, перенесённый с референтной популяции: у молодого быка он есть до первой дочери.

Что это

Геномная оценка не измеряет племенную ценность животного — она её переносит. Сначала на группе животных, у которых есть и генотип, и надёжно измеренная продуктивность, устанавливается связь между участками генома и признаком. Потом эта связь применяется к молодняку, у которого есть только генотип и нет ещё ни одной лактации.

Смысл её один и он большой: животное получает оценку на несколько лет раньше, чем успевают отелиться его дочери. Отказываться от геномики из-за «недоказанности» значит отказываться от поколения.

Как это считает книга

Книга своей геномной оценки не считает и не притворяется, что считает. Привезённая оценка лежит в карточке отдельным блоком, где текстом записаны кто оценивал и как названа база у источника: центров и баз много, список их меняется, и закрытый перечень означал бы, что оценку из нового источника некуда положить.

Наш собственный процент надёжности считается по дочерям, записанным здесь, и до появления первой дочери он равен нулю. Это сказано прямо, а не спрятано: сложить чужую геномную надёжность с нашей значило бы выдать чужие данные за свои — ровно та неправда в свою пользу, которая вскрывается при первой проверке происхождения.

Генотип и геномная оценка — разные вещи, и книга держит их порознь. Отчёт о генотипировании здесь и есть протокол лаборатории: зарегистрированный Ассоциацией, с названной лабораторией и приложенным файлом, он поднимает уровень достоверности данных до второй ступени. Это измерение, за которым стоит бумага; геномная оценка — расчёт по нему, и сделан он не здесь.

Динамика оценки — рабочий инструмент, и ради неё в книге ведётся история переоценок отдельной строкой на каждую: по ней видно, подтверждается ли ранняя геномная оценка по мере накопления дочерей. Пока оценка лежала одним снимком в карточке, каждый новый прогон затирал прежний.

Чего это не означает

Не оценка без ошибки. Каталожные 0,7 у быка без единой дочери и наши 0,75 у быка с полусотней дочерей — не одна шкала: они означают разное и по-разному ошибаются. Складывать их и сравнивать между собой нельзя.

Не инструмент для любой породы. Точность геномного прогноза зависит от размера референтной популяции — это тысячи генотипированных животных с известной продуктивностью, а в рабочих оценках десятки и сотни тысяч. Для малочисленной породы таких животных физически нет, и вопрос не в деньгах и не в очереди в лабораторию.

Не переносится с породы на породу. Связь маркера с признаком держится не на самом маркере, а на его сцеплении с настоящим геном, а сцепление у другой породы своё: оно складывалось отдельно все поколения, что породы шли врозь. Голштинская референтная популяция даёт голштинам высокую точность и тем меньшую, чем дальше от них порода.

Не замена контролю родства. Геномика ускоряет отбор, то есть сужает круг отцов быстрее прежнего, — а прирост инбридинга за поколение равен 1 / (2 × Ne), и при двух быках в обороте это 6,25 % за один шаг, ровно порог внимания.

Где это работает

Читать дальше

Источники